結論から言うと一昨日（3/26）のバージョンアップで解決されていました。
以前は入力・編集画面での改行が実際のＦＡＱ画面には反映されていなかったのですが、
その問題が完全に解決されていました。
この問題が原因でこのプラグインの使用を諦めていた人や面倒でも改行タグを打ち込んで
使用していた人には朗報です。
他のプラグインと比較してみると、javascriptでアンサーが表示されるところや
並べ替えとカテゴリー別表示などは優れていると思います。
あとはカテゴリー別の表示が編集画面でも設定できて、ショートコードが
一つで済むようになればもっと使いやすくなると思います。
以前のバージョンを使用していた人は改行タグを削除する手間がかかりますが、
バージョンアップしておいた方が今後のことを考えると得策でしょう。
あと、スタイルシートも少し変更する必要があるでしょう。
q-and-a.phpファイル内で問題になっていたところは121行目辺りの(get_the_content)で、
データのbrやpタグを無視して読み込んでいたようです。
因みに筆者は下のように書き換えて使っていました。
この場合、brタグだけが反映されます。
こちらの方がpタグが入らないので、むしろ良いかもしれません。

$qa_shortcode .= '<div class="faq-answer">' . nl2br(get_the_content()) . '</div>';